H παρακολούθηση των λιμνών της Ελλάδας εντάσσεται στο Εθνικό Δίκτυο Παρακολούθησης της ποιότητας και της ποσότητας των υδάτων που συγκροτήθηκε με Κοινή Υπουργική Απόφαση (ΚΥΑ 140384/2011) στο πλαίσιο εφαρμογής της Οδηγίας για τα Ύδατα (Οδηγία 2000/60/ΕΚ, Άρθρο 8).

Το Ελληνικό Κέντρο Βιοτόπων - Υγροτόπων (ΕΚΒΥ) του Μουσείου Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας λειτουργεί αδιάλειπτα το Εθνικό Δίκτυο Παρακολούθησης των λιμνών από το 2012, η λειτουργία του οποίου χρηματοδοτείται μέσω του ΕΣΠΑ και συνεχίζεται έως το 2023.  

Το ΕΚΒΥ, σύμφωνα με την ΚΥΑ, ορίζεται αρμόδιος φορέας για την πραγματοποίηση των δειγματοληψιών, αναλύσεων και επί τόπου μετρήσεων, καθώς και για την ετήσια υποβολή στοιχείων στη Γραμματεία Υδάτων του Υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας. Η Γραμματεία Υδάτων συντονίζει και εποπτεύει το Εθνικό Δίκτυο Παρακολούθησης των υδάτων και υποβάλλει τα δεδομένα ετησίως στον Ευρωπαϊκό Οργανισμό Περιβάλλοντος.

Το Εθνικό Δίκτυο Παρακολούθησης των επιφανειακών υδάτων δίδει στοιχεία που τροφοδοτούν την οικολογική και χημική ταξινόμησή τους. Η οικολογική ταξινόμηση είναι μια πολύπλοκη διαδικασία που στηρίζεται σε δείκτες και σε συνδυασμούς βιολογικών παραμέτρων (φυτοπλαγκτό, υδρόβια μακρόφυτα, φυτοβένθος, ζωοβένθος, ιχθυοπανίδα), φυσικοχημικών (π.χ. διαφάνεια, συνθήκες οξυγόνωσης, συγκεντρώσεις ειδικών ρύπων), υδρολογικών (π.χ. στάθμη υδάτων, χρόνος παραμονής) και μορφολογικών (μορφολογία παρόχθιας ζώνης, βαθυμετρία). Οι εφαρμοζόμενοι δείκτες πρέπει παράλληλα να συμπληρώνονται και να βελτιώνονται συνεχώς, σε συνεργασία με την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και τα υπόλοιπα κράτη μέλη, ώστε να υπάρχει συγκρισιμότητα των αποτελεσμάτων ταξινόμησης, μεταξύ όλων των χωρών. Έχει υπολογιστεί ότι, για τον σκοπό αυτό, μόνο για τις λίμνες, θα απαιτηθούν έως το 2023 περί τις 42.000 μετρήσεις και αναλύσεις. Επιπροσθέτως, το ΕΚΒΥ διενεργεί συστηματικές δειγματοληψίες για ουσίες προτεραιότητας, ειδικούς ρύπους και λοιπές ουσίες στους σταθμούς των λιμνών και τα δείγματα αποστέλλονται για ανάλυση στο Γενικό Χημείο του Κράτους και το Ινστιτούτο Εδαφοϋδατικών Πόρων του ΕΛΓΟ - ΔΗΜΗΤΡΑ.

Εκτός από εθνική υποχρέωση, είναι σημαντικό η χώρα να έχει χρονοσειρές δεδομένων που να τεκμηριώνουν την κατάσταση και τις τάσεις στα ύδατα της χώρας, ώστε οι αρμόδιες υπηρεσίες να ιεραρχούν και στοχευμένα να λαμβάνουν τα κατάλληλα κάθε φορά μέτρα διατήρησης και διαχείρισης. Με τη διαχρονική παρακολούθηση καταγράφεται η βελτίωση ή μη στα ύδατα της χώρας και συνεπώς δίνεται η δυνατότητα αξιολόγησης της αποτελεσματικότητας των μέτρων αυτών.

Για το διάστημα από το 2016 έως το 2023, η λειτουργία του Εθνικού Δικτύου Παρακολούθησης των λιμνών χρηματοδοτείται από το Ταμείο Συνοχής και εθνικούς πόρους μέσω του ΕΣΠΑ, Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Υποδομές Μεταφορών, Περιβάλλον και Αειφόρος Ανάπτυξη 2014-2020», Πράξη «Επιχορήγηση του Μουσείου Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας - Ελληνικό Κέντρο Βιοτόπων-Υγροτόπων για την υλοποίηση του έργου "Λειτουργία εθνικού δικτύου παρακολούθησης των υδάτων των λιμνών της Ελλάδας (Οδηγία 2000/60/ΕΚ)"». Αντιστοίχως, για τα έτη 2012-2015, η λειτουργία του Εθνικού Δικτύου Παρακολούθησης των λιμνών συγχρηματοδοτήθηκε από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης μέσω έργων του ΕΣΠΑ 2007-2013.