Με στόχο τη συστηματική παρακολούθηση των ποιοτικών και ποσοτικών χαρακτηριστικών των υδάτων έχει οριστεί εθνικό δίκτυο παρακολούθησης με καθορισμό των θέσεων μετρήσεων και των φορέων λειτουργίας του δικτύου. Ειδικότερα στις 9 Σεπτεμβρίου 2011, εκδόθηκε η Κοινή Υπουργική Απόφαση ΚΥΑ 140384/2011 περί «ορισμού του Εθνικού Δικτύου Παρακολούθησης της ποιότητας και της ποσότητας των υδάτων με καθορισμό των θέσεων (σταθμών) μετρήσεων και των φορέων που υποχρεούνται στην λειτουργία τους, κατά το άρθρο 4, παράγραφος 4 του Ν. 3199/2003 (Α΄ 280)».
Σκοπός του Εθνικού Δικτύου Παρακολούθησης είναι η παρακολούθηση της ποσοτικής και ποιοτικής κατάστασης των επιφανειακών και υπόγειων υδάτων στα δεκατέσσερα (14) υδατικά διαμερίσματα της χώρας, σύμφωνα με το Προεδρικό Διάταγμα 51/2007.
Η Ειδική Γραμματεία Υδάτων (ΕΓΥ) του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής (ΥΠΕΚΑ) είναι η αρμόδια υπηρεσία για: α) την υποβολή ετήσιας έκθεσης και ετήσιου προϋπολογισμού κόστους λειτουργίας του Εθνικού Δικτύου Παρακολούθησης στο ΥΠΕΚΑ, β) την παρακολούθηση, σε εθνικό επίπεδο, της ποιότητας και της ποσότητας των επιφανειακών και υπόγειων υδάτων σε συνεργασία με τις Διευθύνσεις Υδάτων της Αποκεντρωμένης Διοίκησης και γ) την ανάπτυξη και τη λειτουργία του εθνικού δικτύου παρακολούθησης της ποιοτικής και ποσοτικής κατάστασης των επιφανειακών και υπόγειων υδάτων.
Για τη λειτουργία του Δικτύου, η ΕΓΥ συντονίζει και επιβλέπει τους ακόλουθους φορείς:
- Γενικό Χημείο του Κράτους (ΓΧΚ),
- Ελληνικό Κέντρο Θαλάσσιων Ερευνών (ΕΛΚΕΘΕ),
- Ινστιτούτο Γεωλογικών και Μεταλλευτικών Ερευνών (ΙΓΜΕ),
- Ελληνικό Κέντρο Βιοτόπων-Υγροτόπων (ΕΚΒΥ),
- Δημοτική Επιχείρηση Ύδρευσης Αποχέτευσης Λάρισας (ΔΕΥΑΛ),
- Δημοτική Επιχείρηση Ύδρευσης Αποχέτευσης Ηρακλείου Κρήτης (ΔΕΥΑΗ),
- Ινστιτούτο Εγγείων Βελτιώσεων (ΙΕΒ) του Εθνικού Ιδρύματος Αγροτικής Έρευνας.
Εκτός του Γενικού Χημείου, οι υπόλοιποι φορείς έχουν την ευθύνη για τη λειτουργία του δικτύου μέσω διεξαγωγής δειγματοληψιών, αναλύσεων και επί τόπου μετρήσεων, όπως και την ετήσια υποβολή στοιχείων με τα αποτελέσματα της παρακολούθησης στην ΕΓΥ του ΥΠΕΚΑ.
Το Μουσείο Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας / Ελληνικό Κέντρο Βιοτόπων-Υγροτόπων (ΜΓΦΙ/ΕΚΒΥ), βάσει της ΚΥΑ 140384/2011, όπως αντικαταστάθηκε με την ΚΥΑ Αριθμ. ΥΠΕΝ/ΔΠΔΥΠ/107168/1444/2021, είναι ο αρμόδιος φορέας παρακολούθησης της οικολογικής κατάστασης των υδάτων των λιμνών της Ελλάδας και λειτουργεί αδιάλειπτα το Εθνικό Δίκτυο Παρακολούθησης των λιμνών από το 2012. Ειδικότερα είναι αρμόδιος φορέας για την πραγματοποίηση των δειγματοληψιών, αναλύσεων και επί τόπου μετρήσεων, καθώς και για την ετήσια υποβολή στοιχείων στην ΕΓΥ αναφορικά με την ταξινόμηση της οικολογικής κατάστασης των λιμνών της χώρας. Επιπλέον, συνεργάζεται με την ΕΓΥ για την πλήρη ανταπόκριση στις υποχρεώσεις που προκύπτουν από τη συμμετοχή της χώρας στην άσκηση διαβαθμονόμησης (Intercalibration Exercise) που διενεργείται σε όλα τα Κράτη Μέλη της Ευρωπαϊκής Ένωσης και τη μεταφορά των αποτελεσμάτων της διαβαθμονόμησης στο εθνικό σύστημα ταξινόμησης της οικολογικής κατάστασης των λιμνών.
Εθνικό Δίκτυο Παρακολούθησης των Υδάτων των Λιμνών της Ελλάδας: https://wfd.ekby.gr/