Η βάση δεδομένων του δικτύου Natura 2000 βασίζεται στις εθνικές υποβολές δεδομένων από κάθε κράτος μέλος και αποτελεί την τεκμηρίωση του πανευρωπαϊκού δικτύου η οποία χρησιμοποιείται για πολλούς σκοπούς (π.χ. έρευνα, ανάλυση, παραγωγή στατιστικών, σχεδιασμό και χρηματοδότηση της διαχείρισης των περιοχών, ενημέρωση). Ως εκ τούτου πρέπει να διατηρείται ενημερωμένη και αυτό αποτελεί υποχρέωση των Κρατών Μελών.

Η βάση δεδομένων διατίθεται σε μορφή MsAccess και συνοδεύεται από γεωχωρικά δεδομένα σε μορφή διανυσματικών αρχείων τύπου shapefile.

Όποτε ένα Κράτος Μέλος έχει διορθώσεις/προσθήκες στη βάση δεδομένων ή στα όρια των περιοχών, τότε υποβάλει μία νέα ηλεκτρονική έκδοση της εθνικής του βάσης δεδομένων (Ms Access Database) και των αντίστοιχων γεωχωρικών δεδομένων στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή.

Οι εθνικές υποβολές των περιοχών του δικτύου Natura 2000 αναρτώνται στον παρακάτω σύνδεσμο:
http://cdr.eionet.europa.eu/gr/eu/n2000