Υποχρέωση υποβολής εκθέσεων για τα Κράτη Μέλη απορρέει και αναφορικά με τα είδη πτηνών που ζουν στο έδαφός τους. Κατ’ εφαρμογή του Άρθρου 12 της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ τα Κράτη Μέλη υποχρεούνται «… να διαβιβάζουν στην Επιτροπή, ανά τριετία, έκθεση για την εφαρμογή των εθνικών διατάξεων που έχουν ληφθεί …». Στο ίδιο άρθρο επισημαίνεται ότι οι εν λόγω εκθέσεις χρησιμοποιούνται από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή για την παραγωγή μίας συνθετικής έκθεσης.

Η υποβολή εκθέσεων βάσει του Άρθρου 12 της Οδηγίας των Πτηνών ακολουθούσε τον προβλεπόμενο τριετή κύκλο έως και την περίοδο αναφοράς 2005-2007, εστιάζοντας κυρίως στη νομική μεταφορά και την τεχνική εφαρμογή της Οδηγίας σε εθνικό επίπεδο.

Στις αρχές του 2008, ωστόσο, τα αρμόδια όργανα αποφάσισαν να υιοθετήσουν ένα νέο «σύστημα αναφοράς» για την Οδηγία των Πτηνών το οποίο:

α) θα βελτίωνε την ποιότητα των εκθέσεων και την παροχή δεδομένων για την πραγματική κατάσταση και τις τάσεις των πληθυσμών των πτηνών,

β) θα εξορθολογιζόταν και θα συγχρονιζόταν με το σύστημα αναφοράς για την Οδηγία των Οικοτόπων (Οδηγία 92/43/ΕΟΚ, Άρθρο 17), μεταβάλλοντας σε εξαετή, τον προβλεπόμενο τριετή κύκλο υποβολής των εκθέσεων υπό το άρθρο 12 της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ

γ) θα συνεκτιμούσε τον ρόλο και την αποτελεσματικότητα του Δικτύου Natura 2000 στην κατάσταση και τις τάσεις των ειδών πτηνών, το οποίο αποτελεί μια σημαντική πτυχή της εφαρμογής της Οδηγίας.

Η νέα μορφή της έκθεσης υπό το άρθρο 12 της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ αναπτύχθηκε την περίοδο 2008-2011, από κοινού από τα κράτη μέλη, την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και ειδικούς εμπειρογνώμονες. Για τις ανάγκες συγχρονισμού των εκθέσεων των δύο οδηγιών (της Οδηγίας των Οικοτόπων και της Οδηγία των Πτηνών), η νέα μορφή της έκθεσης εφαρμόστηκε πρώτη φορά για την περίοδο αναφοράς 2008-2012, καλύπτοντας στην πραγματικότητα περίοδο 5 και όχι 6 ετών.

Η νέα μορφή της έκθεσης υπό το άρθρο 12 της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ αποτελείται από δύο μέρη:

• Ένα γενικό μέρος όπου διατηρούνται τα στοιχεία προόδου, αλλά με απλουστευμένο τρόπο, περιλαμβανομένων βασικών γεγονότων και διαδικτυακών συνδέσμων άλλων πηγών για λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με π.χ. τη νομική ενσωμάτωση, την έρευνα και εργασία για την προστασία, διαχείριση και χρήση των πληθυσμών των πτηνών.
• Ένα ειδικό μέρος αναφορικά με το μέγεθος και τις τάσεις των πληθυσμών των ειδών πουλιών και την εξάπλωσή τους, όπου περιλαμβάνονται και πληροφορίες σχετικά με τις κύριες απειλές και τις πιέσεις που επηρεάζουν τα είδη χαρακτηρισμού μιας Ζώνης Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ), καθώς και την κάλυψη των ειδών από το δίκτυο των ΖΕΠ και των μέτρων διατήρησης που έχουν ληφθεί για αυτά.

Η έκθεση εφαρμογής της Οδηγίας 79/409/ΕΟΚ για την περίοδο 2005-2007, είναι αναρτημένη στον σύνδεσμο: http://ec.europa.eu/environment/nature/knowledge/rep_birds/index_en.htm

Η έκθεση εφαρμογής της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ, υπό το άρθρο 12 για την περίοδο 2008-2012 (που για την Ελλάδα αφορά στην περίοδο αναφοράς 2008-2014) βρίσκεται αναρτημένη στο Κεντρικό Αποθετήριο Δεδομένων (CDR) της Ευρωπαϊκής Υπηρεσίας Περιβάλλοντος, στον σύνδεσμο: http://cdr.eionet.europa.eu/gr/eu/art12/envv5hdfq/

Η τελευταία έκθεση εφαρμογής της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ, υπό το άρθρο 12 για την περίοδο 2013-2018 βρίσκεται αναρτημένη στο Κεντρικό Αποθετήριο Δεδομένων (CDR) της Ευρωπαϊκής Υπηρεσίας Περιβάλλοντος, στον σύνδεσμο: https://cdr.eionet.europa.eu/gr/eu/art12/envxz8njg/