Αξιόλογες περιοχές της χώρας έχουν ενταχθεί στο ευρωπαϊκό Δίκτυο Προστατευόμενων Περιοχών NATURA 2000. Στον ελληνικό κατάλογο των περιοχών του Δικτύου NATURA 2000 εντάχθηκε το σύνολο σχεδόν των προστατευόμενων περιοχών της Ελλάδας, σε εθνικό και διεθνές επίπεδο, δηλαδή οι Εθνικοί Δρυμοί, τα Αισθητικά Δάση, οι Υγρότοποι Ραμσάρ κ.λπ.

Συγκεκριμένα, η Ελλάδα έχει εντάξει συνολικά 446 περιοχές (YA 50743/2017, ΦΕΚ 4432/Β/2017). Από αυτές, 265 περιοχές έχουν οριστεί ως Τόποι Κοινοτικής Σημασίας (ΤΚΣ) σύμφωνα με την Οδηγία των Οικοτόπων (Οδηγία 92/43/ΕΟΚ) και 207 έχουν χαρακτηρισθεί ως Ζώνες Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ) για τα πτηνά (Οδηγία 79/409/ΕΟΚ, όπως κωδικοποιήθηκε με την Οδηγία 2009/147/ΕΚ). Οι δύο κατηγορίες περιοχών παρουσιάζουν μεταξύ τους επικαλύψεις. Η συνολική επιφάνεια του δικτύου Natura 2000 στην ξηρά ανέρχεται σε 36.000 km² περίπου και καλύπτει 27,3% της χερσαίας έκτασης της Ελλάδας. Το θαλάσσιο τμήμα του δικτύου Natura 2000 στην Ελλάδα καταλαμβάνει 23.000 km² περίπου.

Το ΕΚΒΥ έχει συνδέσει τη διαδρομή του με το δίκτυο Natura 2000, καθώς συντόνισε την καταγραφή των τόπων που πληρούν τα κριτήρια της παρουσίας τύπων οικοτόπων και οικοτόπων ειδών της Οδηγίας 92/43/ΕΚ στη χώρα μας (296 περιοχές – «Επιστημονικός Κατάλογος»), από ομάδα περίπου 100 επιστημόνων που συστήθηκε ειδικά για το σκοπό αυτό. Η καταγραφή αυτή έγινε στο πλαίσιο του ευρωπαϊκού προγράμματος LIFE που υλοποίησε το ΕΚΒΥ σε συνεργασία με το ΑΠΘ, το ΕΚΠΑ και το Πανεπιστήμιο Πατρών (1994-1996) με τίτλο «Καταγραφή, Αναγνώριση, Εκτίμηση και Χαρτογράφηση των Τύπων Οικοτόπων και των Ειδών Χλωρίδας και Πανίδας της Ελλάδας (Οδηγία 92/43/ΕΟΚ)».

Η εθνική διαδικασία χαρακτηρισμού των ελληνικών ΤΚΣ ως Ειδικών Ζωνών Διατήρησης (ΕΖΔ) ξεκίνησε με τον νόμο 3937/2011. Η επικαιροποίηση του εθνικού καταλόγου του ευρωπαϊκού οικολογικού δικτύου Natura 2000 αποτέλεσε προϊόν του έργου «Εποπτεία και αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης ειδών και τύπων οικοτόπων κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα», το οποίο συγχρηματοδοτήθηκε από το ΕΤΠΑ, στο πλαίσιο του ΕΠ ΕΠΠΕΡΑΑ (ΕΣΠΑ 2007-2013) και υλοποιήθηκε από το Τμήμα Βιοποικιλότητας και Προστατευόμενων Περιοχών του ΥΠΕΝ το διάστημα 2014-2015. Η ένταξη των νέων περιοχών και η επικαιροποίηση του εθνικού καταλόγου θεσμοθετήθηκε με την ΚΥΑ 50743 (ΦΕΚ Β’ 4432/2017) «Αναθεώρηση εθνικού καταλόγου περιοχών του Ευρωπαϊκού Οικολογικού Δικτύου Natura 2000»

• Εθνικός Κατάλογος περιοχών του δικτύου NATURA 2000 σύμφωνα με την ΚΥΑ 50743 (ΦΕΚ Β’ 4432/2017) - 15 Δεκεμβρίου 2017
• Εθνική υποβολή βάσης δεδομένων του δικτύου Natura 2000 στο Κεντρικό Αποθετήριο Δεδομένων του EIONET
• Στοιχεία απεικόνισης του δικτύου Natura 2000 μέσω της διαδικτυακής εφαρμογής χάρτη (map viewer) του Ευρωπαϊκού Οργανισμού Περιβάλλοντος
• Εφαρμογή προβολής και εκτύπωσης των Τυποποιημένων Εντύπων Δεδομένων των περιοχών
• Διανυσματικά αρχεία των ορίων των τύπων οικοτόπων εντός των περιοχών Natura 2000 από την Γεωπύλη του ΥΠΕΝ

Γενικότερα στοιχεία για το δίκτυο Natura 2000 στις χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης δίδονται σε περιληπτική μορφή στην περιοδική έκδοση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής «Βαρόμετρο». Περισσότερες πληροφορίες για το δίκτυο Natura 2000 στην Ελλάδα μπορούν να αναζητηθούν στην ιστοσελίδα του ΥΠΕΝ.