Το Άρθρο 17 της Οδηγίας των Οικοτόπων (92/43/ΕΟΚ) απαιτεί από τα Κράτη Μέλη να υποβάλλουν κάθε έξι χρόνια εκθέσεις προς την Ευρωπαϊκή Επιτροπή για την εφαρμογή της Οδηγίας στην επικράτειά τους. Οι εκθέσεις περιλαμβάνουν πληροφορίες και δεδομένα για την εξάπλωση και κατάσταση διατήρησης των τύπων οικοτόπων και ειδών σύμφωνα με τα Παραρτήματα I, II, IV και V της Οδηγίας, τόσο εντός όσο και εκτός Δικτύου Natura 2000 για τις πιέσεις και απειλές προς αυτά και μέτρα διατήρησης. Αρμόδιος φορέας για την υποβολή τους είναι το Υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας (ΥΠΕΝ).
Οι εκθέσεις υποβάλλονται στο Κεντρικό Αποθετήριο Δεδομένων του Ευρωπαϊκού Οργανισμού Περιβάλλοντος και αποτελούνται από δύο μέρη: ένα γενικό μέρος που αφορά στα μέτρα διατήρησης, στη διαχείριση των περιοχών Natura 2000 και οικονομικά θέματα, και ένα ειδικό μέρος με δεδομένα για την κατάσταση των τύπων οικοτόπων και των ειδών κοινοτικού ενδιαφέροντος (έντυπα αναφοράς και χάρτες).
Αναφορικά με τους τύπους οικοτόπων, η Ελλάδα έχει υποβάλει εκθέσεις για τις εξής περιόδους:
- 1994-2000: Εστίαση στη νομοθετική εφαρμογή και τη δημιουργία του Δικτύου Natura 2000.
- 2001-2006: Πρώτη αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης των τύπων οικοτόπων κοινοτικού ενδιαφέροντος.
- 2007-2014: Δεύτερη αξιολόγηση κατάστασης διατήρησης και αξιολόγηση αποτελεσματικότητας του Δικτύου Natura 2000.
- 2013-2018: Επανεκτίμηση της κατάστασης διατήρησης.
Οι εκθέσεις χρησιμοποιούνται από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή για τη σύνταξη της ετήσιας έκθεσης «Κατάσταση της Φύσης στην ΕΕ».